Luego de instalar docky tuve problemas para iniciar Nautilus, por alguna razón simplemente no partía. Afortunadamente encontré una solución en Ubuntuforums. Consiste en editar el archivo "/usr/share/applications/nautilus.desktop". Basta con cambiar donde dice:
Exec=nautilus
por
Exec=nautilus .
Eso resultó suficiente para corregir el problema.
Editado: encontré una solución mejor. Anotada como comentario.
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